Das Jahr 1544 ist der Zeitpunkt, an dem der Jahrhunderte alte Streit um die Donauquelle seinen Anfang nahm. Zwar setzte sich Sebastian Münster, der Mann auf dem Hundertmarkschein im Jahre 1538 für die Schlossquelle in Donaueschingen ein, jedoch 6 Jahre später (1544) widersprach der Freiburger Professor Heinrich Loriti Clareanus dem Sebastian Münster und trat mit voller Entschiedenheit für die Quellflüsse Brigach und Breg ein. Der Streit um die Quelle begann.
Jedes Land wollte die Quelle des weltberühmten Flusses auf seinem Gebiet besitzen. Die Fürsten Fürstenberg gaben an vor ihrem Schlosse in Donaueschingen die "Donauquelle" zu haben. Die Römer sollten angeblich die Donauquelle entdeckt haben, obwohl der Beweis hierfür fehlte.
1702 suchte der Kaiser General Marsigli, von Kaiser Josef I. beauftragt, nach der Quelle der Donau. Die Quelle der Breg am Brücklerain bei Furtwangen erklärte Marsigli als die weitesten entfernten für die wahre Quelle der Donau und erstellte 3 Landkarten. Vicarius Breuninger vom Kloster St. Georgen, als guter Schwabe, wies 1719 mit Leidenschaft nach dass die Urquelle des weltberühmten Stromes nicht in Donaueschingen, sondern auf württembergischen Gebiet am Hirzwald im Ursprung der Brigach zu suchen sei. Auf einer Karte des Herzogtums Württemberg aus jener Zeit ist die Brigachquelle als fons naturalis (natürliche Donauquelle) verzeichnet.
Der Schweizer Mathematikprofessor Scheuchzer hält die Quelle des Inns in Graubünden als höchstgelegene Quelle für den echten Donauursprungs. Um die Wende des 18. Jahrhunderts gab man den Irrtum über die Schlossquelle selbst in Donaueschingen zu. Das Donaubächle, das sich von der Schlossquelle nach 300 m langen Lauf in die Brigach ergoss wurde zugeschüttet. 1828 wurde das Wasser der Schlossquelle auf kürzestem Wege in einem 90 m unterirdischen Kanal in die vorbei fließende Brigach geleitet.
1844 schrieb das Universal-Lexikon des Großherzogtum Baden:
Die Donau, der größte Strom Deutschlands entspringt bei der Martinskapelle nahe bei Furtwangen und heißt am Anfang Breg. Fast alle großen Ströme in der Welt haben mehrere Quellflüsse. Quellflüsse sind nicht immer ebenbürtig. Der Rhein entspringt als Vorderrhein am St. Gotthard. Der Vorderrhein ist gegenüber dem Hinterrhein der bedeutendere Quellfluss.
Der Nil entspringt als Kagera. Die Kagera-Nilquelle ist die südlichste und mündungsfernste Nilquelle. Der Amazonas entspringt als Apurimac. Die Apurimacquelle ist die mündungsfernste Quelle des Amazonas.
Bei der Donau ist die Quelle der Breg an der historischen Martinskapelle bei Furtwangen die westlichste und mündungsfernste Quelle der Donau. Die alte Convention trifft zu, wonach der oberste kräftigste Quelllast eines Gewässernetzes als dessen Ursprung gilt. Bei zahlreichen Flüssen hat es auch Korrektionen um die Quelle gegeben, wie der Quellenforscher Dr. Ludwig Oehrlein berichtet.